Службу возглавляет генеральный директор - в настоящее время им является Ричард Диарлав. Нынешний директор МИ-6 Ричард Биллинг Диарлав родился 23 января 1945 г., по окончании Кембриджского университета занимался разведкой 33 года - в Африке (Кения), Европе и США (офицер связи при ЦРУ в Вашингтоне), а также на посту руководителя оперативного управления.

В целях прикрытия МИ-6 включена в структуру министерства иностранных дел.

МИ-6 имеет 87 резидентур за рубежом и штаб-квартиру в Лондоне, на Воксхолл Бридж-роуд. Генеральный директор МИ-6 одновременно является постоянным заместителем министра иностранных дел. Таким образом, формально британская разведка находится под контролем британского МИДа, однако, наряду с этим она имеет прямой выход на премьер-министра и часто действует по его указаниям или самостоятельно.

В структуре МИ-6 пять директоратов. В их число входят:

Административно-кадровый директорат, который занимается административно-управленческими вопросами, а также вопросами подбора и расстановки кадров.

Директорат постановки заданий и подготовки разведывательной продукции. Получает задание от министерств иностранных дел и обороны. Обрабатывает и анализирует получаемую разведывательную информацию, подготавливает и реализуют выходные документы разведки.

Директорат региональных контролеров. Состоит из нескольких регионально-географических оперативных отделов.

Директорат внешней контрразведки и безопасности. Осуществляет разработку спецслужб иностранных государств и обеспечивает безопасность работы английской разведки.

Директорат специальной разведки. Снабжает подразделение разведки современными оперативно-техническими средствами ведения оперативной работы.